今天是第1375期日報，我們解讀了 8 篇文獻，分別關(guān)注：減肥干預(yù)，預(yù)測標志物，年齡，梭桿菌，大腸癌，生信，糞菌移植，蟲草多糖

腸道菌群特征或可預(yù)測益生元干預(yù)的減肥效果

Gut——[17.943]

① 取4個肥胖供體糞便菌群接種到抗生物素處理的人源性肥胖小鼠體內(nèi)，高脂飼料喂養(yǎng)+菊粉處理；② 巴恩斯氏菌、嗜膽菌、丁酸單胞菌、食物谷菌、梭菌XIVa、Akk菌、拉烏爾菌和布勞特式菌等菌屬，與菊粉改善代謝和胰島素敏感性、降低肝臟脂質(zhì)積累有關(guān)；③ 納入106人進行3個月菊粉補充研究，肥胖患者干預(yù)前的厭氧棒狀菌、Akk菌和丁酸球菌等菌屬的水平，驅(qū)動了菊粉應(yīng)答者的BMI降低；④ 補充益生元前對腸道菌群進行表征有助于區(qū)分應(yīng)答者和非應(yīng)答者。

【主編評語】

Gut上發(fā)表的這項來自比利時的研究，結(jié)合動物和人群實驗發(fā)現(xiàn)，菊粉對于肥胖的改善效果與干預(yù)前的腸道菌群組成密切相關(guān)，主要體現(xiàn)在菌群中特定微生物類群的含量上。因此，在干預(yù)前對受試者的腸道菌群進行分析，或能篩選出潛在的應(yīng)答者，有助于實現(xiàn)個性化減肥。（@兵兵）

【原文信息】

Discovery of the gut microbial signature driving the efficacy of prebiotic intervention in obese patients

2020-02-10, doi: 10.1136/gutjnl-2019-319726

菌群和基因結(jié)合或可預(yù)測飲食干預(yù)的減肥效果

American Journal of Clinical Nutrition——[6.568]

① 納入62名大腰圍受試者，進行26周的膳食干預(yù)；② 普雷沃氏菌與擬桿菌之比的對數(shù)（log10(P/B)）和唾液淀粉酶基因拷貝數(shù)（AMY1 CN）的基線平均值分別為-2.1和6.6；③ 基線P/B比預(yù)測到飲食引起的體重降低而AMY1 CN值不能；④ 在AMY1 CN較低的參與者中，基線P/B值預(yù)測到高纖維膳食組比正常組體重減輕每單位2.12kg，在AMY1 CN高的受試者中，預(yù)測體重減輕無差異；⑤ AMY1 CN值與腸道菌群組成有關(guān)；⑥ 低AMY1 CN與log10(P/B)值結(jié)合可用于預(yù)測體重減輕。

【主編評語】

這項膳食干預(yù)研究采用高纖維膳食對腰圍大的受試者進行減肥干預(yù)，研究發(fā)現(xiàn)，干預(yù)前受試者腸道菌群中的普雷沃氏菌與擬桿菌之比，以及受試者的唾液淀粉酶基因拷貝數(shù)（AMY1 CN），可用于預(yù)測膳食干預(yù)的減肥效果。（@兵兵）

【原文信息】

Pretreatment Prevotella-to-Bacteroides ratio and salivary amylase gene copy number as prognostic markers for dietary weight loss

2020-02-07, doi: 10.1093/ajcn/nqaa007

減肥手術(shù)對腸道菌群的獨立影響

Microbiome——[10.465]

① 高脂飲食誘導(dǎo)產(chǎn)生的肥胖大鼠分為2組，分別進行胃旁路術(shù)及假手術(shù)，假手術(shù)組的大鼠進行飲食限制，以保持兩組大鼠的體重相似；② 胃旁路術(shù)組大鼠的腸道菌群中，放線菌門（尤其是雙歧桿菌科）及變形菌門增加，厚壁菌門減少（但鏈球菌科及產(chǎn)氣莢膜梭菌增加）；③ 胃旁路術(shù)組大鼠的腸道內(nèi)腔中，共軛膽汁酸及次級膽汁酸減少；④ 胃旁路術(shù)組大鼠的結(jié)腸中，由于菌群精氨酸生物合成通路的減少，精氨酸水平降低，而天門冬氨酸水平增加。

【主編評語】

減肥手術(shù)可治療嚴重肥胖并維持減重效果，但在減重效果之外，減肥手術(shù)對腸道菌群組成及功能的獨立影響尚未明確。來自Microbiome上發(fā)表的一項最新研究，對比分析了通過胃旁路術(shù)減重的大鼠及通過飲食干預(yù)減重的大鼠，在腸道菌群的組成及功能上的差異。（@沈志勛）

【原文信息】

Gastric bypass surgery in a rat model alters the community structure and functional composition of the intestinal microbiota independently of weight loss

2020-02-07, doi: 10.1186/s40168-020-0788-1

南昌大學(xué)徐振江等：微生物組或可預(yù)測人的實際年齡

mSystems——[6.519]

① 結(jié)合公開數(shù)據(jù)，用隨機森林模型，評價糞便、唾液及皮膚（手和前額）樣本微生物組預(yù)測成年人年齡的能力；② 皮膚微生物組可提供最佳的年齡預(yù)測(mean±SD為3.8±0.45年，口腔和腸道微生物組年齡預(yù)測mean±SD分別為4.5± 0.14和11.5 ±0.12年)；③ 多個隊列研究均表明腸道微生物組與實際年齡有關(guān)；④ 手微生物組年齡預(yù)測模型可應(yīng)用到前額微生物組年齡預(yù)測，反之亦然；⑤ 與老年人富集的細菌相比，年輕人富集的細菌，豐度更高，且在多個群體中普遍存在。

【主編評語】

研究表明，腸道微生物組會隨著年齡的增長而變化，甚至?xí)铀俪赡耆说乃ダ稀Ｅc身體其他部位相比，腸道微生物組的年齡相關(guān)變化是否更為顯著？能否從微生物組樣本中預(yù)測一個人的實際年齡？目前并沒有定論。最近mSystems發(fā)表南昌大學(xué)徐振江與UCSD的Rob Knight團隊合作的研究，結(jié)合了來自包括中國、美國等不同國家的幾項大型隊列研究，以確定身體哪個部位（腸道、口腔和皮膚）的微生物組可以最準確地預(yù)測成年個體的實際年齡。結(jié)果發(fā)現(xiàn)，皮膚微生物組的預(yù)測結(jié)果最佳。本研究為進一步研究微生物組在加速或減緩衰老過程中的作用，及在與年齡相關(guān)的疾病易感性中的作用奠定了基礎(chǔ)，并有助于開發(fā)潛在的微生物靶向治療策略，延緩衰老。推薦閱讀。（@nana）

【原文信息】

Human Skin, Oral, and Gut Microbiomes Predict Chronological Age

2020-02-12, doi: 10.1128/mSystems.00630-19

港中大團隊：我國南方人腸道菌群中常見多種梭桿菌，或與大腸癌有關(guān)

Gut——[17.943]

① 分析全球16個人群的3157個腸道宏基因組，研究梭桿菌屬的分布情況及其潛在的結(jié)直腸癌（CRC）相關(guān)基因組特征；② 不論是否患有CRC，中國南方人群中多個已知和未知的梭桿菌類群的普遍性、相對豐度和多樣性，都高于其它地區(qū)人群；③ 除了具核梭桿菌，可變梭桿菌等梭桿菌類群也在CRC中富集；④ 在可變梭桿菌和潰瘍梭桿菌等細菌類群中，均能檢測到與CRC相關(guān)的FadA黏附素的同系物，且在CRC人群中含量豐富，但是否會增加CRC風(fēng)險還需進一步研究。

【主編評語】

梭桿菌屬中，具核梭桿菌在結(jié)直腸癌（CRC）中富集，F(xiàn)adA黏附素可能介導(dǎo)了這種細菌對CRC的促進作用。Gut近期發(fā)表的來自香港中文大學(xué)團隊的研究發(fā)現(xiàn)，我國南方人群的腸道菌群中，多個梭桿菌屬細菌類群都比在其它人群中更為常見，含量和多樣性也更高，并且從可變梭桿菌（F. varium）和潰瘍梭桿菌（F. ulcerans）等多個梭桿菌菌種中，鑒定出FadA同系物的存在，或許與CRC相關(guān)。這些發(fā)現(xiàn)不僅擴充了與CRC有潛在關(guān)聯(lián)的腸道細菌種類，也揭示出不同人群中梭桿菌屬細菌的分布和多樣性差異，再次提示基于菌群類群特征的診斷和治療方法需要針對不同人群進行“量身定制”。（@mildbreeze）

【原文信息】

Southern Chinese populations harbour non-nucleatum Fusobacteria possessing homologues of the colorectal cancer-associated FadA virulence factor

2020-02-12, doi: 10.1136/gutjnl-2019-319635

華科寧康團隊：一個快速、準確的微生物群落結(jié)構(gòu)搜索利器——Meta-Prism

Briefings in Bioinformatics——[9.101]

① Meta-Prism方法用于比對分析不同樣本的微生物群落結(jié)構(gòu)，可從數(shù)據(jù)庫搜索到與目標樣本群落結(jié)構(gòu)最相似的樣本，加深對不同來源樣本的了解；② Meta-Prism方法比同類方法至少快10倍，并且可以提供非常精確的搜索結(jié)果；③ 開發(fā)團隊在來自人體和環(huán)境的上萬個樣本中驗證了該方法在速度和準確性上的優(yōu)勢；④ Meta-Prism方法基于以下三項技術(shù)：用于樣本分組的雙索引方法、用于分析樣本間微小差異的精細打分函數(shù)和CPU/GPU并行計算技術(shù)。

【主編評語】

華中科技大學(xué)寧康教授課題組在Briefings in Bioinformatics發(fā)表論文，介紹了一款新的微生物群落結(jié)構(gòu)搜索利器：Meta-Prism。這一款主要由 C++ 和 CUDA 語言創(chuàng)作的工具采用了雙向索引（dual index）、一個新的打分函數(shù)和 CPU/GPU 并行計算等技術(shù)，使得在大數(shù)據(jù)庫中快速搜索和樣本結(jié)構(gòu)差異比較的速度較過去的 Meta-Storms 等算法快 10 倍以上。（@高春輝）

【原文信息】

Meta-Prism: Ultra-fast and highly accurate microbial community structure search utilizing dual indexing and parallel computation

2020-02-07, doi: 10.1093/bib/bbaa009

張發(fā)明團隊：糞菌移植治療放射性腸炎有證據(jù)

Radiotherapy and Oncology——[5.252]

① 評價5名常規(guī)治療無效的慢性放射性腸炎（CRE）患者接受糞菌移植（FMT）治療的價值；② 主要評價的參數(shù)包括：RTOG/EORTC 晚期放射毒性分級、CTCAE胃腸道癥狀嚴重度分級（腹瀉、腸出血、腹痛和大便失禁）、Karnofsky功能狀態(tài)評分、腸道菌群分析；③ FMT后，3例患者臨床癥狀、內(nèi)鏡和影像學(xué)表現(xiàn)均改善，1例無效，1例獲益于FMT后因其他原因轉(zhuǎn)手術(shù)；④ 本研究為FMT作為CRE的治療方案提供了前瞻性小樣本評價證據(jù)。

【主編評語】

盆腹腔腫瘤放療后可引起放射性腸炎，以腹瀉、出血、腹痛、直腸陰道瘺等為主要表現(xiàn)，對于常規(guī)治療無效的患者，其生活質(zhì)量受到嚴重影響。 Radiotherapy and Oncology發(fā)表來自南京醫(yī)科大學(xué)第二附屬醫(yī)院張發(fā)明教授團隊的最新臨床研究，首次報道了用糞菌移植（FMT）治療人慢性放射性腸炎的臨床證據(jù)，提示調(diào)節(jié)腸道菌群的干預(yù)方法治療放射性腸炎的價值，為未來開展臨床研究奠定了前期探索性基礎(chǔ)。熱心腸日報曾經(jīng)專題推送，中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射醫(yī)學(xué)研究所樊賽軍教授團隊首次報道糞菌移植可緩解輻射引起的小鼠放射腸炎，大家可以通過日報查閱（查看文章）。（@mildbreeze）

【原文信息】

Fecal microbiota transplantation: A promising treatment for radiation enteritis?

2020-02-07, doi: 10.1016/j.radonc.2020.01.011

南昌大學(xué)團隊：冬蟲夏草多糖改善小鼠的腸道粘膜免疫及菌群組成

Carbohydrate Polymers——[6.044]

① 環(huán)磷酰胺誘導(dǎo)小鼠的腸道粘膜免疫抑制及菌群失調(diào)，并降低結(jié)腸中的短鏈脂肪酸水平；② 攝入冬蟲夏草多糖（CSP）可刺激IL-12、IFN-γ、IL-4、IL-13等細胞因子的分泌，并增加T-bet、GATA-3、RORγt、Foxp3等轉(zhuǎn)錄因子的產(chǎn)生，同時可上調(diào)TLR及NF-κB通路中的關(guān)鍵蛋白；③ CSP還可恢復(fù)結(jié)腸中的短鏈脂肪酸水平；④ 另外，CSP可增加小鼠糞便菌群的α-多樣性，改變整體菌群組成，增加益生菌并減少致病菌。

【主編評語】

來自南昌大學(xué)的余強團隊在Carbohydrate Polymers上發(fā)表的一項最新研究，在環(huán)磷酰胺處理后的小鼠中，發(fā)現(xiàn)冬蟲夏草多糖處理可恢復(fù)小鼠的腸道粘膜免疫應(yīng)答及短鏈脂肪酸水平，并改善腸道菌群的多樣性及組成。（@沈志勛）

【原文信息】

Cultured Cordyceps sinensis polysaccharides modulate intestinal mucosal immunity and gut microbiota in cyclophosphamide-treated mice

2020-02-14, doi: 10.1016/j.carbpol.2020.115957

感謝本期日報的創(chuàng)作者：徐笑，F(xiàn)U，沈志勛，nana，機智少女617(???)，戴敏

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